大図書館群の奥に存在する「禁書図書館」（単に「禁書庫」とも呼ばれる）。
いわゆる禁書やかつて焚書の対象となった書物群、他にもいわくつきの魔導書など力のある書物が収められた書庫。
力ある書物が揃っているために怪異が発生するなどの噂もある。
毎年一月には図書委員会の中でも特に禁書を扱う「禁書管理員」の生徒や教師による書庫蔵書整理が行われる。
危険が伴う業務であるため基本的に秘密裏に実行され、このときに蔵書の再封印や修繕なども行われる。
原則、図書委員会や魔術の教導を行う教職員でなければ入室はできないが、学習や研究、その他の理由により図書委員会から許可を得ることができれば、図書委員会以外の者の利用も可能である。
ただし、「禁書図書館」の中に蓄えられた危険な書籍の数々の力により不可思議な現象が起こることも決して少なくなく、思わぬ場所から意図せず「禁書庫」へと迷い込んでしまう者もおり、図書委員会による巡回が常に行われている。
霊的事件の解決のために禁じられた知識や「魔導書」類の閲覧、特殊な魔術の検索を行うために《祭祀局》、《風紀委員会》、《公安委員会》による利用も増加の一途を辿っている。
「禁書図書館」には、「閲覧室」のほか、「禁書図書館」内の管理や緊急事態発生の際の作戦本部となる「管制室」、特に危険な魔導書等が封じられた「封印室」、魔術の秘奥を駆使して悪魔や使い魔の召喚を行う際に用いられる「召喚室」などの施設が存在する。
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Time：23:13:45 更新
ご案内：「禁書図書館 書架・閲覧室」からリョーガ･パレコルタさんが去りました。
リョーガ･パレコルタ > 『…ま、後で色々弄ればいいかねい。
そういうのは苦手なんだけどよい？』
くつくつと笑って、隠れている目側の髪をかきあげる。
─────《傷があった》。
『ま、そろそろかずさんらと魔導書回収だろうしねい…そっちのデータも流しとこうかい。』
本業はこっちだけどねい、とカツカツ。
靴の音だけを残して彼も禁書図書館を後にする。
────静寂だけを残して。
リョーガ･パレコルタ > 『…公安の協力者というのもなんか奇妙なもんだねい。』
それを見送ったリョーガ。
独り残された禁書の書架場でいつも通りの笑みを浮かべたまま。
とはいえ図書委員が<図書委員では無い理由>で真宵の図書館に居るなんてどう誤魔化したものか、と。
公安の何者か > 『君にはまだ知るには早い。 とはいえ邪険にはすまいよ。
今後の戦力強化に必要だからさ。』
壮年の人物はくく、と肩を竦め笑いながら。
と、スーツのポケットから旧来型のスマホをリョーガに投げ渡し。
『その中に報酬の暗証番号等が残っている。
報酬を確認次第破壊してくれたまえ。
───ではな。』
壮年の人物は、静かに図書館を後にした。
静寂だけを残して。
リョーガ･パレコルタ > 『ま。
これが今の僕のお仕事ですから？
とはいえ…何に使うんでい？
わざわざ公安のお偉いさん方が裏でこっちに頼むなんて。』
リョーガは肩を竦めながらそれとなくに尋ねる。
どうせはぐらかしが来るのは分かりきっているが。
公安の何者か > 「…それが例の品か。
よくやる物だな。
…流石図書委員の中でも異例中の異例の実力だな？」
壮年の人物はリョーガから布に包まれた禁書を受け取る。
中身はとある秘術が幾らか記されたものだが…紛れもない禁書だ。
リョーガ･パレコルタ > 『…ふんふん。』
真宵の禁書図書館。
そんな有り得ない時間に1つの禁書を手にしている青年が1人。
そして公安の壮年の人物が。
ご案内：「禁書図書館 書架・閲覧室」にリョーガ･パレコルタさんが現れました。
ご案内：「禁書図書館 召喚室」から海月さんが去りました。
海月 > 「ついにきてしまった、、、、、、」
ご案内：「禁書図書館 召喚室」に海月さんが現れました。
ご案内：「禁書図書館 召喚室」から海月さんが去りました。
ご案内：「禁書図書館 召喚室」に海月さんが現れました。
ご案内：「禁書図書館 管制室」からリョーガ･パレコルタさんが去りました。
■リョーガ･パレコルタ > そう思い立ったリョーガは資料を片手に管制室を出る。
目指すは───図書委員会の本部だから。