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研究区の実習区脇にある大きな湖。
湖とその周囲一帯の空間が歪んでいるのか、地図上での表記よりも遥かに大きい古代湖。
透明度が高い青い湖面で、様々な植物や水生生物がいる。
周囲は木々で囲われており、自然研究系の研究所などが控えめな外観で建っていたりもする。また、北側の実習区を除く区間では湖周を巡れるように散策路があり、湖南側には『玄武湖境』というコテージ集落風にお店や宿泊施設がある。西には岩壁に囲まれた、東には砂浜が広がる二つのキャンプ場（西玄武湖・東玄武湖）がある。
湖の北側は一部が実習区にも入っており、その場所では水関連の実習なども行われる。
近年の観測時の記録では長さ182km、幅60km。面積は6,236 km2。周囲は688kmで、琵琶湖の9倍の大きさがあった。
学園地区から直通、環状線と交わる『玄武湖前』が最寄り駅。そこからバスで湖南側の『玄武湖境』まで約30分。
一般の自動車などの乗り入れは自然保護のためこの『玄武湖境』まで（近隣研究所は別のルートがあります）。
湖周を巡る散策路は徒歩か自転車、或いは西玄武湖や東玄武湖まで走るモノレール（観光トロッコ）があります。また、『玄武湖境』と西玄武湖と東玄武湖を繋いでいる繋いでいる連絡観光船が時計回りと反時計回りで各1隻出ているので、これらをご利用ください。
宿泊はホテルが2件、民宿が5件あります。
ウッドテラスから玄武湖畔を眺められ、周囲にレストランやカフェ、屋台など食事処があり、土産物屋も徒歩範囲に。少し遠出する場合や湖周散策にはレンタルの自転車や電動アシスト移動機などの利用がお薦め。小さな美術館など幾つかもあります。
また、西玄武湖と東玄武湖を繋ぐ観光トロッコの発着場や、連絡観光船乗り場の桟橋があります。桟橋では貸出ボートなどもあります。
夏場の避暑や日帰り観光などで少し人気の場所です。
遠浅の白浜が広がっており、夕陽が照らす湖風景が美しい場所です。
民宿が2件あり、大きな公共温泉施設があります。また貸しコテージが幾つかあり、整備されたキャンプ場があります。観光トロッコ発着駅と連絡船桟橋周辺にはカフェやコンビニもあり、キャンプセットの貸し出しもあり予約をすれば食材なども用意されますので、手ぶらでのキャンプ旅行なども可能です。
桟橋からは湖畔フィッシングのボートも出ますので、玄武湖フィッシングの中心になります。
鋭い岩礁が多い地形で、奇岩観光などができます。
湖側は連絡船桟橋以外では水に近づくのは難しい険しい地形であり、また観光トロッコ発着駅側も地層が見える切り立った崖肌風景となっています。
観光トロッコ発着駅前には自動販売機はありますが、他にはキャンプ場の管理事務所棟の中にある売店ぐらいしかお店はありません。水回りのインフラやトイレなどはあります。
湖側の岸壁にできた階段を降りますと、湖面に近い高さに作られた岩風呂の温泉があります。
朝日に染まりゆく湖面は一見の価値があります。
レジャーやキャンプ、観光に。
湖面は夏でも温度は低めであるためウォーターアクティビティはあまりありませんが、フィッシングやボートなどはよくやられています。
また場所によっての景観の違いや、朝や夕方の風景も感動的です。
西と東で泉質が異なる温泉も湧き出ております。東は大きな公共温泉があり水着着用の混浴露天もあります。西は湖面ぎりぎりの位置にある露店の岩風呂のみで開放的（男女別）。シーズンによって渡り鳥や渡り竜などが見れることがあります。冬場であると、一部の湖面が氷で覆われたりもします。
| 場所 | 施設名 | 分類 | 説明や備考 |
| 玄 武 湖 畔 | 玄武湖畔デッキテラス | 広場 | 玄武湖畔を望めるデッキテラス、周囲に店が立ち並ぶ憩いの広場 |
| 『玄武望楼館』 | 飲食店 | 玄武湖グルメが楽しめるレストラン。 | |
| 『Marche』 | 飲食店 | 湖畔のチーズケーキ専門店。お土産にもどうぞ。 | |
| 『玄武湖畔屋』 | 土産物店 | 玄武湖畔の思い出にどうぞ。 | |
| 『玄武湖ガラス館』 | ガラス工芸品店 | ガラス工芸品やオルゴールを扱っているお店。玄武湖畔の思い出にどうぞ。 | |
| 『Hi Walkings』 | レンタルバイク | 自転車、電動自転車/バイク、電動アシスト移動機など、近隣観光の移動に。 | |
| 湖畔のキッチンカー | 出店 | デッキテラスで出している軽食の出店。 | |
| 玄武湖現代美術館 | 施設 | 玄武湖畔から徒歩でアクセスな距離にある小規模美術館。 玄武湖をテーマにした美術品を展示。テラスデッキがあり、軽食なども楽しめます。 | |
| 玄武湖観光案内所 | 施設 | 玄武湖畔の一般訪問客の玄関口になる施設、前には大型バスも駐車できるロータリー完備。 当日宿泊の宿の手配などもできます。 | |
| 玄武湖畔駅 | 施設 | 観光トロッコの乗降駅。 | |
| 玄武湖畔桟橋 | 施設 | 観光連絡船の乗降波止場。貸しボートなどもあります。 | |
| 東 玄 武 湖 | |||
| 東玄武湖駅 | 施設 | 観光トロッコの乗降駅。 | |
| 東玄武湖桟橋 | 施設 | 観光連絡船の乗降波止場。フィッシングボートもここから出ます。 | |
| 『東玄武の湯』 | 施設 | 公共温泉浴場。水着着用の混浴風呂もあります。 | |
| 東玄武湖キャンプ場 | 施設 | 東玄武湖の整ったキャンプ場で、コテージも借りられます。 事前予約すれば手ぶらで訪れてBBQも楽しめます。 | |
| 『亀の屋』 | 旅館 | 東玄武湖にある旅館、宿泊客は近隣の公共温泉浴場の利用が無料です。 | |
| 『東玄武湖釣具店』 | 雑貨屋 | 釣具店ですが、食料品なども置いており雑貨屋的存在。夜21時閉店。 | |
| 東玄武湖遊歩道 | 遊歩道 | 玄武湖畔に沿うようにある遊歩道、森林浴や紅葉などを楽しめます。 | |
| 西 玄 武 湖 | |||
| 西玄武湖駅 | 施設 | 観光トロッコの乗降駅。 | |
| 西玄武湖桟橋 | 施設 | 観光連絡船の乗降波止場。岩場にあり少し危険。 | |
| 『西玄武の湯』 | 施設 | 湖面ぎりぎりの位置にある露天の岩風呂のみで開放的（男女別）。 | |
| 西玄武湖キャンプ場 | 施設 | 共用炊事場とトイレは完備。テントなどは持参が必要。 | |
| 西玄武湖雑貨店 | 雑貨屋 | 駅横にある雑貨屋で、キャンプ場の管理もしています。薪なども購入可能。18時には閉店。 | |
| 奇岩群 | 観光 | 湖畔から突き出る奇岩が見れます。調査では古代異世界期のものらしい。 | |
| 西玄武湖畔ビオトープ | 観光 | 調査地域の一部を観光用に整備され、切り立った崖で常世島の地層を見ることが出来るます。 | |
湖底は漏斗型をしており、安全が確認されている比較的浅瀬な周辺部以外は未確認なことも多く。また中央は深くまだ底が見つかっていません。
首の長い巨大な生物の姿や巨大な亀を目撃したという噂もあります。
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